Resmi Gazete'nin 1 Eylül 2016 tarihli mükerrer sayısında Türkiye genelindeki üniversitelerde FETÖ kapsamında meslekten ihraç edilen akademisyenlerin listesi yayımlandı. Listede Balıkesir Üniversitesi eski Rektörü Mahir Alkan ile birlikte 54 öğretim üyesi de yer aldı.
FETÖ / PDY soruşturmaları kapsamında açığa alınan çok sayıda öğretim üyesi meslekten ihraç edildi. 1 Eylül 2016 sayılı Resmi Gazete'de yayımlanan listede Balıkesir Üniversitesi eski Rektörü Mahir Alkan da yer alıyor. Son rektörlük seçimlerinde yüksek oy alan, ancak Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan'ın Kerim Özdemir'i atamasının ardından Fen Edebiyat Fakültesi'ndeki görevine geri dönen Mahir Alkan, OHAL kapsamında Balıkesir Üniversitesi'nde görev yapan yüze yakın akademisyenle birlikte açığa alınmıştı. OHAL kapsamında çıkarılan son kanun hükmünde kararnameyle BAUN'de Mahir Alkan'la birlikte toplam 54 akademisyen meslekten ihraç edildi.