Olağanüstü Hal (OHAL) kapsamında yayımlanan Kanun Hükmünde Kararname (KHK) ile "Bakanlar Kurulu" ibaresi Cumhurbaşkanı oldu. Genelkurmay Başkanı'nın görev ve yetkisine ait kanun ile YAŞ'ın kuruluş ve görevleri hakkındaki kanun kalktı.
Yeni sisteme geçilmesiyle birlikte anayasa değişikliklerine uyum sağlanması amacıyla bazı Kanun Hükmünde Kararnameler (KHK) çıkarıldı. OHAL kapsamında çıkan KHK'lara bir yenisi daha eklendi. Bu kapsamda Resmi Gazete'de yayımlanan son 703 Sayılı KHK ile bazı bakanlıklar birleştirildi ve "Bakanlar Kurulu" ibaresi Cumhurbaşkanı oldu. Genelkurmay Başkanı'nın görev ve yetkisine ait kanun ile YAŞ'ın kuruluş ve görevleri hakkındaki kanun kalktı. "Milli İstihbarat Teşkilatı Müsteşarlığı" ibaresi "MİT", "müsteşar" ibaresi ise "başkan" şeklinde değiştirildi. Ayrıca "2945 sayılı Milli Güvenlik Kurulu ve Milli Güvenlik Genel Sekreterliği Kanunu" yürürlükten kaldırıldı. Kapatılan Kamu Düzeni ve Güvenliği Müsteşarlığı'na ait her türlü hak ve yükümlülükler İçişleri Bakanlığı'na devredildi. Toplu Konut İdaresi Başkanlığı (TOKİ), Çevre ve Şehircilik Bakanlığına bağlandı. TSK Personel Kanunu'nda yapılan değişikliğe göre subayların bekleme süreleri Cumhurbaşkanı kararıyla uzatılıp kısaltılabilecek. Ayrıca 112 Acil Çağrı Merkezi'ni asılsız ihbarla meşgul edenlere de valiliklerce 250 lira idari ceza uygulanacak.